聚丙烯酰胺在自然環境中容易降解，主要是由于聚丙烯酰胺中的分子鏈暴露在空氣中，導致連鎖氧化反應，導致聚丙烯酰胺聚合物分子鏈斷裂，也導致聚丙烯酰胺的原有功能和效果。
聚丙烯酰胺的降解分為兩種，一種是水解反應，另一種是氧化反應。聚丙烯酰胺的水解會導致分子結構中的酰胺基變成羥基，但這個過程一般不會造成很大的效果變化。但聚丙烯酰胺的氧化反應會導致聚丙烯酰胺分子量斷裂，降低聚丙烯酰胺分子量，產生氧化還原其他雜質。所以聚丙烯酰胺的輕微降解不影響使用，但一般降解嚴重時，不僅沒有原有效果，使用時還會引起其他不良反應。
聚丙烯酰胺的固體通常在水中溶解40-90分鐘。分子量越大，溶解度越高，溶解時間越長。聚丙烯酰胺的水溶液在常溫下可以保持24小時左右，時間長了會因為降解而失去效果，聚丙烯酰胺的溫度一般不能超過45攝氏度，這也會導致聚丙烯酰胺過早降解。一般在80攝氏度以上，聚丙烯酰胺會迅速降解，因此聚丙烯酰胺需要在低溫環境下保存。
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